[Ivan Bardeen]

если я назначаю квоту "для пути" (d:\dir\userdir) то в директорию userdir - можно будет записать только 100 мб »

Правильно. При этом суммируется все, что находится в подпапках.

если же "Автоматически применять шаблон и создавать квоты на существующих и новых вложенных папках"то создав папку d:\dir\userdir\userdir1 пользователь и в нее сможет записать 100мб. а создав еще d:\dir\userdir\userdir1\userdir2 и туда. »

Неправильно. На userdir2 вы можете назначить квоту хоть 100GB - все равно запишете туда столько, сколько осталось от квоты на userdir1.
Авто-квоты применяются только на подпапки первого уровня