[Alexandre]

Если в BIOS указать диск D: - то это будет физический диск D:, т.е. второй винчестер. При загрузке в Windows, в том числе и в режиме MS DOS (не с дискеты, а в режиме эмуляции доса!) этот физический диск D:, с которого производится загрузка будет обозначен как C: !!! А при загрузке с дискеты или CD-ROMа - ты увидишь диски в их физической последовательности, т.е. винды будут стоять на D:. Тут и решай, кого тебе форматировать...
А при эмуляции доса - CD-ROM, конечно, виден не будет, драйвера-то его не загужены.