[kaster]

Основная ошибка в этом
1.

if @HOUR=9 = @MIN=30 Then »

Так не пишут. это противоречит синтаксису. Если хочешь указать час и мин, то правильнее

Код:

if @HOUR=9 AND @MIN=30 Then

2. Это не ошибка, так, замечание. Зачем столько слипов?
3. Это не замечение, а совет - используй Case для явных условий, облегчает понимание скрипта и делает его более прозрачным, ИМХО. примерно так

Код:

While 1
	Select
		Case @HOUR=9 AND @MIN=30
			MsgBox(64,"","", 3); 
		Case @HOUR=13 AND @MIN=30
			MsgBox(48,"","", 3); Таймауты вставлены для того, чтобы мсгбокс не был активен непрерывно и скрипт мог выполняться дальше
	EndSelect	
	Sleep(10000)
WEnd

А где сама запускаемая программа? Практика показывает, что там есть тоже свои подводные камни, типа проверка запущена ли программа уже и т.д.