Создал нового пользователя. Цвета все нормальные.
Вот содержимое файлов.
~/.config/gtk2.0
Код:

[Filechooser Settings]
LocationMode=filename-entry
ShowHidden=false
ExpandFolders=true
GeometryX=0
GeometryY=0
GeometryWidth=845
GeometryHeight=617
~/.config/gtk-qt-engine
Код:

[General]
KDELocalPrefix=/home/xxx/.kde4/
KDEPrefix=/usr/
Прийдётся ковырять ~/.kde4. На сколько я понимаю, его удалять нельзя. Многие, если не все пользовательские настройки програам, хранятся в этой папке.
Спасибо за помощь. Если будут ещё идеи, с радостью приму