[vadblm]

думаю проблема в gtk-qt-engine, попробуйте её удалить.
меню у Gtk+ и Qt приложений станут выглядеть чутка по-разному, но зато без глюков.

а если причина не в этом, а в шаловливых ручонках, что проверить очень просто - создайте другого пользователя и если у него всё в порядке, то так и есть.

тогда просто удалите ~/.config/gtk2.0 сбросив таким образом настройки. может ещё что-то нужно будет поудалять, но осторожно, можно потереть настройки всяких ась и почт, вместе с письмами и логами.