[kaster]

Т.к. в AutoIt нет многопоточности, могу посоветовать перед запуском InputBox запустить еще один скрипт, которые будет ждать окна с нужным заголовком, а после того, как дождется, поменяет там раскладку.
Примерно так.
Готовишь вспомогательный скрипт следующего содержания

Код:

Global $Rus = '00000419'; Раскладка русского языка
Global $Eng = '00000409'; Раскладка английского языка
While 1
	If WinExists('InputBoxTitle', '') Then
		$hWnd = WinGetHandle('InputBoxTitle', '')
		;MsgBox(0, '', 'Got it')
		_WinAPI_SetKeyboardLayout($Rus, $hWnd)
		ExitLoop
	EndIf
	Sleep(100)
WEnd

Func _WinAPI_GetKeyboardLayout($hWnd)
	Local $Ret = DllCall('user32.dll', 'long', 'GetWindowThreadProcessId', 'hwnd', $hWnd, 'ptr', 0)
	If (@error) Or ($Ret[0] = 0) Then
		Return SetError(1, 0, 0)
	EndIf
	$Ret = DllCall('user32.dll', 'long', 'GetKeyboardLayout', 'long', $Ret[0])
	If (@error) Or ($Ret[0] = 0) Then
		Return SetError(1, 0, 0)
	EndIf
	Return '0000' & Hex($Ret[0], 4)
EndFunc   ;==>_WinAPI_GetKeyboardLayout

Func _WinAPI_SetKeyboardLayout($sLayout, $hWnd)
	If Not WinExists($hWnd) Then
		Return SetError(1, 0, 0)
	EndIf
	Local $Ret = DllCall('user32.dll', 'long', 'LoadKeyboardLayout', 'str', StringFormat('%08s', StringStripWS($sLayout, 8)), 'int', 0)
	If (@error) Or ($Ret[0] = 0) Then
		Return SetError(1, 0, 0)
	EndIf
	DllCall('user32.dll', 'ptr', 'SendMessage', 'hwnd', $hWnd, 'int', 0x0050, 'int', 1, 'int', $Ret[0])
	Return SetError(0, 0, 1)
EndFunc   ;==>_WinAPI_SetKeyboardLayout

Он будет непрерывно мониторить нужное тебе окно. Как только оно появится, немедленно поменяет в нем раскладку на нужную. Вот к примеру нужное

Код:

InputBox('InputBoxTitle', 'Russian text')

Аналогично можешь ставить какую угодно раскладку, и совершенствовать скрипт для мониторинга под свои нужны. Это первое что пришло в голову