[Сlassic]

Так и не понял, в чем собственно проблема ? Отсутствие всяких там папок не говорит о том, что на этом разделе когда-то не стояла система.Сам факт,что он является активным, намекает на обратное.А теперь о том, что собственно вы хотите:

Почему так происходит, раньше такого не было, диск С создавался основным активным. Может что-то мудрят создатели всяких Windows-сборок, обьясните пожалуйста и подскажите как с этим бороться. »

просто знать ? А как броться ?Да просто пользоваться своей проверенной сборкой,хотя в приведенном случае сама сборка, ни при чем.Так бы произошло,если б вы использовали и оригинальный лицензионный диск.