[kaster]

Да нет, я все правильно понял
Но твой способ действительно "деревянный"
И потом, обрамляй код тэгами

Код:

some code

Необязательно создавать файл, писать туда данные а потом снова считывать. Достаточно просто проверить кол-во элементов $list[0][0]
Если больше двух, выход.

Код:

$list = ProcessList("приложение.exe")
If $list[0][0] >= 2 Then
   Exit; или ProcessClose('приложение') если прога запускается извне
Else
   Run('1234.exe')
EndIf
...
Entire code
...