[ab57]

Но ведь играться с размерами пакетов это не выход, цель понять в чём проблемма , запротоколировать её и доказать прову его косяк опираясь на эти данные. Как ещё можно проверить качество доступа к ресурсам в сети кроме пинга и трассировки маршрута, может есть какой то специальный софт для этого? »

То, что это пров - не факт. Вам как раз и предлагают сначала разобраться со своей стороной, поскольку здесь вам и карты в руки, убедиться, что это не у вас проблемы, а потом уже разбираться с провом. Другого способа, как "играться" с пакетами, модемами, пингами... все равно нет.

Имеем подключение к интернету через большого провайдера »

Сомнительно, чтобы такой пров сознательно чудил.
Я бы для начала перевел модем в режим маршрутизатора, при возникновении проблем посмотрел бы его статистику .
Собрал бы статистику пингом с ключиком -l (длина ICMP-сообщения) - как ведет себя пинг на длинных пакетах когда возникают сбои и когда все нормально. На большом количестве пингов (ключик -t или -n xxxx)
Посмотрел бы чем отличается трасса к серверу, который нормально доступен от трассы к ненормально работающему серверу. Повторил бы tracert несколько раз - не меняется ли маршрут?
Поставил бы на шлюзе анализатор трафика, возможно, он что-нибудь покажет, когда возникнут сбои.
Определил бы, связаны ли проблемы с HTTP-протоколом, как ведет себя FTP, почта ?
Когда вы для себя проясните ситуацию, то и с провайдером будет проще общаться.