[NiOl]

Если в примитиве (т.е., в соответствии с достаточностью исходных данных), то так:

Код:

@echo off
for /d %%D in ("C:\Windows\*.*") do set /a Dirs+=1
Echo Сейчас Каталогов %Dirs%

Во второй строчке указывается путь к контролируемым каталогам с маской (желательно подогнать к маске катлогов). На выходе - в переменной Dirs - количекство подкаталогов, включая скрытые.