[Sham]

чтобы была ссылка site.ru/file.exe, в .htaccess пишется типа этого

Код:

RewriteEngine On
RewriteRule ^file\.exe$ file.php [L]

либо добавляется нужное расширение для обработки интерпретатором php.

имхо такие ссылки поисковики не индексируют вовсе.