[trakober]

архивировать наверно придется из-под Linuxa, а вот копировать батником по ssh можно так:

пишешь батник следующего содержания:

psftp.exe -v -C -2 -b sftp.scr user@IP_Linux_machine

где psftp.exe - клиент sftp, можешь скачать в нете или посмотри в папке с Putty;

sftp.scr - файл, в котором пишешь необходимые команды (справка по командам - запускаешь psftp.exe потом в нем набираешь слово "help"), в твоем случае в файле sftp.scr будет примерно следующее:
cd /каталог1/каталог2
get имя_файла_для_копирования
bye

user - пользователь для входа по SSH на Linux

Итого, в папке должны лежать:
1) bat-файл
2) psftp.exe
3) sftp.scr