[Creat0R]

если я объявляю $pos1, а использую значение $pos1[1] - это нормально? »

Не совсем. Выдача ошибки полностью зависит от успеха функции «MouseGetPos()», т.е нужно ещё проверять если она вернула массив:

Код:

$mayak1 = MouseGetPos()
If IsArray($mayak1) Then PixelChecksum(...)

как может получиться в SciTE, что по ctrl+F5 пишет 0 error(s), 0 warning(s) а при попытке запуска скрипта выдает Array variable subscript badly formatted.: »

Очень просто - первое это проверка синтаксиса, а с синтаксисом в этом случае всё в порядке, тут проблема образуется на лету, для это и нужно делать что называется Error Checking (проверки на ошибочность - см. пример выше).
Хм, действительно, это видимо недочёт проверки синтаксиса.