[IgNat]

И как быть? Как то их найти и перекинуть на "Главный" диск? »

- содержимое файла boot.ini Вашей OS выложите здесь. Также, укажите на каком из HDD находятся: системная папка (обычно, Windows), boot.ini, ntldr, ntdetect.com, bootfont.bin.