Если я правильно понял, то структура папок переносится с одной машины на другую посредсвом чего-то...

например флешка или временно на диск и архив пустых каталогов по почте... вобщем сначала на локальном или сетевом диске создаем
копию структуры каталогов... для копий у нас есть хорошая команда xcopy....
без скрытых/системных каталогов:
xcopy /t /e c:\Folder d:\Prep2Export\
со скрытыми каталогами:
xcopy /t /e /h c:\Folder d:\Prep2Export\
