maasja, с ссылками вышло?
1. lightbox начинает работать после полной загрузки dom дерева. раньше ни как, так как он пробегается по всем ссылкам / картинкам и разбирается, что же с ними делать. для разнообразия, в файле lightbox.js, внизу есть строчка:
Код:

document.observe('dom:loaded', function () { new Lightbox(); });
можешь её заменить на:
Код:

document.observe('dom:loaded', function () { alert('DOM загрузился, сейчас начнется подготовка работы Lightbox'); new Lightbox(); alert('Lightbox готов к работе'); });
и увидешь как быстро загрузится dom.
2. думаю да, только это не 5-минутное дело. тут повозиться немного необходимо.