[Vadikan]

Есть ли какой-то софт, который следить именно за этим пунктом меню? )) »

Запретите запись в HKEY_CLASSES_ROOT\.ххх\ShellNew, где ххх - желаемое расширение. Права - в контекстном меню раздела реестра.

Далее, не знаю из-за чего - в меню пуск перестало работать опять же проклятое контекстное меню. »

Экспортируйте HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Policies\Explorer\ и прикрепите к сообщению.

С твиками особо не баловался »

Да, конечно...

И ещё хотелось бы узнать - как отключить вычищение "выполнить" после перезагрузки? »

Aналогичный вопрос уже задавался на форуме. Воспользуйтесь фильтрами по названию темы по выполнить.



Результат

Если ни одна из тем не помогла решить проблему, то поднимите своим вопросом наиболее подходящую.