[ShaddyR]

Utuwa, много вопросов.. впрочем, любопытство - не порок, а иногда даже - полезно.
По порядку:

Приходится запускать вручную по "Запуск от имени" »

->

"runas.exe /savecred /noprofile /env /user:localhost\User2 ДИСК:\ПУТЬ\ИМЯ_ПРОГРАММЫ" Обычно вписывается в ярлык к программе »

который в свою очередь ставится в автозагрузку.
>

Даже если приложение (или игра) запускаются, то все свои записи и сохранения она пытаются внести в Local\Admin, т.е не в свои профильные папки - поэтому у них ничего не сохраняется - Ни настройки, ни профили итд.. »

это для случая запуска от имени? Тогда это логично - используются папки того профиля, в окружении которого запускается программа. Попробуй поиграть с параметрами runas - возм., тот же

/noprofile »

исправит данное положение.
>

Возможно ли решить эту проблему средствами "Импорт и экспорт реестра" ХП, без сторнних прог? »

не всегда. Пожно пробовать давать соответствующеи права нужным веткам реестра.
>

Если использ RegMon и FileMon - надо тщательно прописывать и тестировать для каждой ? »

если хочешь 100%-ной работы программы - да.
>

Будут ли проги, со скопированными ветками своих реестро - работать? »

не факт - зависит от конкретной программы и ее реализации. Про права на разделы реестра я уже говорил.