[tenalex]

Добрый день!
На сколько я могу судить о проблемы, решить будет ее с одной стороны просто, с другой стороны не очень.

Для этого потребуется вам
1) Архивировать средствами никсов (man tar и там смотрим как это сделать)
2) Копировать с никсов на виндовую общую папку (для этого нужен самаба сервер)
3) Либо можно поднять ftp сервер, выкладывать туда файлы, а с винды забирать.

По мне самый простой способ - это установить самбу, зашарить папку в винде и закидывать туда с никсов все, что вам нужно.
А как работать с линуксом - это уже не в эту часть форума .