Den47

При обрабатке видео в RGB (как это делает VirtualDub) потребляется больше ресурсов, чем в YUY2 (как в Avisynth). К тому же для MPEG2 YUY2 более родной формат и скажем так конвертация YUY2>RGB>YUY2 качество не увеличивает. А еще вроде при конвертации RGB>YUY2 (или наоборот не помню) сужается диапазон цветов.
А если требуется максимально качественно переконвертировать, то это только ручками.
К примеру MPEG2>dgmpgdec>mpeg2source в Avisynth считается самым грамотным и качественным методом.
Я бы посоветывал программку MeGui. На входе ест практически все, автоматически определяет деинтерлейсинг (для NTSC у нее какой-то другой метод). Делает обрезку, изменение размера. На выходе AVI XVID, MKV MP4 H264