[ab57]

Если коротко, то S5 и PCI PME - элемненты спецификации ACPI (Advanced Configuration and Power Interface), интерфейса управления электропитанием, или иногда его еще называют интерфейсом доступа к энергосбререгающим функциям аппаратного обеспечения. Дистанционное включение компьютера - небольшая и далеко не основная часть этой спецификации. Описание ACPI легко найдете в инете (описание ACPI 2.0 содержит более 400 страниц).
S1-S5 - это "состояния сна" в порядке уменьшения энергопотребления. S5 - это состояние программного выключения (Soft OFF) - все выключено, за исключением тех устройств, через которые возможно включение компьютера. Для питания таких устройств используется дежурное напряжение +5V SB (+5V Standby), вырабатываемое блоком питания компьютера в выключенном, но не обесточенном состоянии.
Для перехода из одного состояния S1-S4 в другое (S2 в S1 например ) используются PME (Power Management Events) - события управления электропитвнием, большая часть которых вызывается аппаратным прерыванием от конкретного устройства.
Вообще-то, включение по Wake on lan и по PME от устройств на шине PCI не являются взаимоисключающими , это уж такой вам BIOS попался.
Подробности, например, здесь