[Oleg Krylov]

Но когда я пишу на домен mail.domain второй пользователь не получает письмо »

Причин для этого множество. В первую очередь проверьте позволяет ли SMTP разрешать дополнительный адрес (telnet...)
Затем поищите события с Suorce: MSExchangeADAccess.

Мне нужно один удалить и назначить другому пользователю. Что будет с почтой у старого пользователя и получит ли старую почту новый пользователь? »

Удалите - старый пользователь перестанет получать почту на этот адрес. новый соответственно начнет. Не забывайте, что время жизни кэша MSExchangeIS 2 часа по умолчанию. В худшем случае изменения применятся через 2 часа. Для ускорения можно перезапустить MSExchange Information Store