[Eakdrazile]

В Ubuntu и во всех подобных (Debian в т.ч.) бывает, установил прогу, а ярлык в меню приложений появляется через какое-то время (но такое происходит не со всеми приложениями). Чтобы сделать ярлык на рабочем столе, щелкаете правой на столе, выбираете "создать кнопку запуска...", потом вводите имя проги и т.д. (эти данные будут относиться только к ярлыку), в строке "комманда" вводите skype, на всякий случай поставьте галочку "запускать в терминале". Можете создать кнопку бысрого запуска на панели, щелкаете правой на панели, выбираете "добавить на панель", далее выбираете "пользовательская кнопка запуска", далее все то же, что и при добавлении ярлыка. (мне кажется, что запускать проги с панели удобнее, можно создать панель, расположить сбоку, и добавить на нее кнопки для часто используемых приложений)
Удачи.
P.S. Все проги в линуксах относятся каждая к своей категории (запустите Synaptic, сами убедитесь), возможно в самих пакетах присутствуют комманды для создания ярлыков именно в нужных разделах меню приложений.
Насчет ./configure, зачем он вам сейчас? Ведь у вас уже установился Skype. ./configure - это скрипт который находится в тарболах (архивы с расширением .tar.gz и .tar.bz2 с исходными кодами пакетов), подробнее об управлении и установке пакетов читайте здесь - https://help.ubuntu.com/community/SoftwareManagementRu
Если у вас Debian, то советую в свободное время почитывать - http://www.debian.org/doc/