ElChe, Здравствуйте. Какие именно файлы пропадают, какие папки пустые? Доступ к дискам, папкам предоставляется?
Попробуйте включить брандмауэр windows, отключить общий доступ к файлам и принтерам и проверить появляется ли проблема.
Код:

>> Безопасность: разрешен административный доступ к локальным дискам (C$, D$ ...)
>> Безопасность: к ПК разрешен доступ анонимного пользователя
>> Разрешен автозапуск с HDD
>> Разрешен автозапуск с сетевых дисков
>> Разрешен автозапуск со сменных носителей
Попробуйте отключить также это скриптом AVZ
Код:

begin
RegKeyIntParamWrite('HKEY_LOCAL_MACHINE', 'SYSTEM\CurrentControlSet\Control\LSA','RestrictAnonymous', 2);
RegKeyIntParamWrite('HKEY_LOCAL_MACHINE', 'System\CurrentControlSet\Services\LanmanServer\Parameters','AutoShareWks', 0);
RegKeyIntParamWrite('HKLM','SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Policies\Explorer','NoDriveTypeAutoRun', 221);
end.
Скачайте Malwarebytes Anti-Malware
здесь,
здесь,
здесь или
здесь. Установите, обновите базы, выберите
Perform Full Scan (Провести полную проверку), нажмите
Scan (Проверить), после сканирования выберите
Ок и далее
Show Results (Показать результаты), нажмите
Remove Selected (удалить выделенные, внимание - проверьте то, что удаляете).
После удаления откройте лог и скопируйте в сообщение. Логи сканирования можно посмотреть во вкладке
Logs (Отчеты), выбрав отчет и нажав кнопку
Open (Открыть)
Скачайте
Gmer, запустите программу. После автоматической экспресс-проверки, отметьте галочкой системный диск и нажмите на кнопку
Scan. После окончания проверки сохраните его лог (нажмите на кнопку Save) и вложите в сообщение.
Скачайте
OTListIt2, сохраните на рабочий стол и запустите, выберите:
Scan All Users,
Minimal Output,
File Age: 30
Days, поставьте галочку
LOP Check,
Purity Check и в
Extra Registry -
Use Safe list. Нажмите
Run Scan, когда закончится процесс сканирования, откроются два файла
OTListIt.Txt и
Extras.txt , скопируйте (Ctrl+A, Ctrl+C) текст из этих файлов и вставьте (Ctrl+V) в следующее сообщение, если текст не уместится в одном сообщении, продолжите его в следующем или запакуйте полученные логи
C:\OTListIt.Txt и
C:\Extras.txt и прикрепите к сообщению.