[Petya V4sechkin]

мне хотелось бы знать какие параметры безопастности отвечают за выдачу именно етого сообщения.

Internet Explorer security zones registry entries for advanced users
Параметр 1806 (Miscellaneous: Launching applications and unsafe files). По умолчанию для зон "Мой компьютер" и "Местная интрасеть" он разрешен.

Но думаю, что проблема в другом. Если вы внимательно читали статью KB883260, то заметили:

Сведения о зоне Интернета сохраняются одновременно с сохранением файла только в случае, если файловой системой жесткого диска является NTFS.

Для этого используются потоки NTFS. Если файл изначально загружен из инета, то неважно, в какой зоне ваш локальный сервер.