[rfcr]

Разобрался, запускать это все хозяйство нужно было через sudo, предварительно отредактировав файл /etc/sudoers.
Чтоб работало там нужно прописать разрешение для пользователя nagios на запуск скрипта. А в конфиге nagios команду запускать через sudo.

Код:

# 'check_my_postfix' command definition
define command{
        command_name    check_my_postfix
        command_line    sudo $USER1$/check_my_postfix
        }

В самом /etc/sudoers:

Код:

nagios  ALL=NOPASSWD: /usr/local/nagios/libexec/check_my_postfix

Вот как-то так... Насколько это правильно, не знаю, но по меньшей мере все стало запускаться.