[proxy]

В принципе почти одинаково, имхо, как это себе представляю, но думаю на опыте все равно будет по разному - куууча факторов и т.д.))
Только "сильно перелопаченное и дописанное" опять же будет упираться в модель/архитектуру оригинала, к тому же если это CMS.

Пример: если сталкивались/копались в модулях джомалы (или других CMS), помимо алгоритма/модели/архитекруты/принципа самого модуля:
что где прописанно, что откуда вызывается, какие куда данные передаются и т.д. + стилистика кода (не забуду DatsoGallery, уж больно её автор
спешил) - ко всему этому накладываются требования самой CMS - как правильно вызвать приложение, отправить данные, подогнать под ЧПУ данной
CMS и т.д. мелочи. Т.е. время на разработку немного увеличивается + мини встречи с невозможность прямой реализации задуманного,
а только через различные обходные пути. Хоть это вполне и закономерно, и ожидаемо, - так как "это часть общей конструкции".

А если будет решение с нуля - оно будет собой представлять единую конструкцию - то, что в CMS было модулем, здесь будет выступать,
как часть движка. Возможно в этом плане будет сложнее вносить изминения, но все опять же зависит от алгоритма разработки.
В этой ситуации, при разработки задачи, меньше будет условий которые необходимо будет соблюсти, а значет и выполнить возможно:
быстрее и легче, а чем легче - тем больше шансов сделать качественный результат.

(кстати, при разработки под CMS, практически любое нововведение, или изминение (не правка кнопочки а, к примеру добавка модуля) - это подгонка
одного-нескольких исполняемых файлов, как модуля, так и CMS (повторю: если сайт имеет индивидуальный дизайн, а не плоску шаблонность))

Плюс: при разработки на CMS будет потрачено время на "обраобтку напильником" самой CMS: т.е. выкинуть то, что не нужно, - отключит в свойствах,
да и по ключивым/основным файлам полазит. Но все едро все равно не переделаешь, какой то процент, на мой опыт и не малый, все равно будет
губить производительность.

CMS хороша своими модулями, что то нужно большое - скачал или сам решил написать - запасся терпением и немного мата и сделал дополнение на сайт.
Минус: иногда по какой нить мелочи приходится перелопачивать горы файлов ))

Проекта с нуля - тут главное не просчитаься и делать на уровне "выполнение задачи/гибкость проекта" - т.е. оставлять возможности для дополнения/изминения.
Тогда в будущем все правиться/дополняться будет легче. А когда проект выростет и станет внушительным, скорее всего работа с ним станет очень схожа с CMS.
Но лучше, так как опять же - он будет более целостен, тут уж как ни крути.......хотя.....

Опять же - это только мое мнение, по моему опыту. т.е. 1% из 100%
Для интереса зайдите на Друпал/Джомала форумы и поспрашивайте там.