[juk]

хозяйн озадачится внезапным наличием у него двух папок:

Это просто небольшой глюк.
Наверно Вы использовали старую версию программы? Интересно какая у Вас операционка?

Хотя удивляюсь, почему. По идее должно быть так, как думал

Нет не должно. Если Вы файлы переносите в папку: СЕЙФ, то Вы их и прячете, а если копируете, то копию прячете, а оригинал естественно нет, и даже после удаления файлы можно будет восстановить, так-как они к программе не имеют ни какого отношения, потому что не скрывались с помощью неё.
Так что лутьше всёже переносить, а копировать можно в том случае, если после закрытия программы, Вам необходимо ещё какоето время с ними поработать, и при условии что более менее продвинутый пользователь не сможет их восстановить после удаления (Для этого должно пройти определённое время, пока они не затрутся окончательно).
Но для полной гарантии, лутьше всёже перенести, и работать с файлами из папки: СЕЙФ, не закрывая программу (например, просматривать фото, или править текстовый документ), а после окончания работы с файлами, закрыть программу, не забыв предварительно закрыть все файлы запущенные в папке.

Запустил Сейф опять, чтобы удалить "правильно", а он не хочет открываться

Используйте версию 1.5, она всё должна исправить. Или нажмите: ОК не вводя никакого пароля.

Файлы и видны даже в данной системе, и копируются с защищённой папки программами, имеющими свой файловый обозреватель, хотя бы упомянутыми программами...

А из каких именно программ они видны, если не секрет? Вроде от всех файловых менеджеров постарался спрятать.

но для серьёзного и долгосрочного хранения - навряд ли.

Программу я начал делать более года назад, так вот, у моего друга, считающего себя великим хакером, и действительно неплохо разбирающегося в компах, до сих пор находяться мои спрятанные файлы, спрятанные там для теста программы. Хотя он уже пару раз переустанавливал винду, форматируя при этом только диск: С, и не трогая другие, на одном из которых они и находятся.
PS: Спасибо за тэстирование программы.