[Grub]

Но вопрос с тем как это автоматически делать через конфигурацию пользователя, а не компьютера остается открыт »

Делайте в msi-пакете ярлык на рабочем столе. Когда пользователь в первый раз попытается его запустить с рабочего стола, произойдет установка приложения. Если msi-пакет собран правильно, то никаких дополнительных действий от пользователя не потребуется. Приложение установится и будет работать.
Кстати, встречный вопрос: чем не подходит установка через Конфигурацию компьютера? Почему именно через Конфигурацию пользователя?

Но не понятно в чем разница между установкой через пользователей или через компьютеры. Как делать через пользователей? »

как раз разница в том как приложение разворачивается. Через пользователя оно публикуется т.е. пользователь видит ярлык, но само приложение еще не установлено. И установка приложения происходит именно после того как пользователь сам инициирует установку. Когда же Вы разворачиваете через Конфигурацию компьютера, то Вы приложение ставите Принудительно. Пользователь не имеет права выбора, ставить или нет(запускать ярлык или нет).

И можно ли обойти запрет применения групповых политик к группам? »

не совсем понял вопроса. Что значит обойти запрет применения к группам?