[Busla]

1) Запустить консоль от имени Администратора (Пуск; набрать CMD; нажать Ctrl + Shift + Enter)
Набрать defrag [Enter] - отобразится краткая справка по ключам с примерами использования
2) да - MFT дефрагментируется (AFAIK фрагментация MFT - следствие переполненности диска)
про файл подкачки врать не буду, но если задаться такой целью - его всегда можно отключить (переназначить на другой диск), провести дефрагментацию, включить обратно. Если у вас не фиксированный размер файла подкачки, то его дефрагментация имеет совсем непродолжительный результат
3) Потому, что разработчики не предусмотрели такого варианта.