[mariolast]

А это отдельные папки, я для примера привел, Work в том числе, и вот пустую то папку как раз компилятор не создает, если в ней пусто...
Вот скрипт

[Files]
Source: F:\INSTALL\Liga\LOC_FILES\LOC_FILES\KEYFILES\*; DestDir: {app}; Flags: ignoreversion overwritereadonly recursesubdirs createallsubdirs
Source: F:\INSTALL\Liga\LOC_FILES\LOC_FILES\UNINST\*; DestDir: {app}; Flags: ignoreversion overwritereadonly recursesubdirs createallsubdirs
Source: F:\INSTALL\Liga\LOC_FILES\LOC_FILES\WORK\*; DestDir: {app}; Flags: ignoreversion overwritereadonly recursesubdirs createallsubdirs

[Dirs]

Name: {app}\FAVORITES; Flags: uninsneveruninstall
Name: {app}\LOG; Flags: uninsneveruninstall
Name: {app}\NEWS; Flags: uninsneveruninstall
Name: {app}\OUTPUT; Flags: uninsneveruninstall
Name: {app}\SAVEARC; Flags: uninsneveruninstall
Name: {app}\SESSION; Flags: uninsneveruninstall
Name: {app}\TEXT_NEW; Flags: uninsneveruninstall
Name: {app}\USER; Flags: uninsneveruninstall

Непустые папки компилятор берет, А вот пустые приходится в другую секцию переносить