[hb860]

Кажется, так:

Код:

Section /o "Ярлыки в меню пуск" 
; Shortcuts
SetShellVarContext all
!insertmacro MUI_STARTMENU_WRITE_BEGIN Application
CreateDirectory "$SMPROGRAMS\$ICONS_GROUP"
CreateShortCut "$SMPROGRAMS\$ICONS_GROUP\MyApp.lnk" "$INSTDIR\MyApp.exe"
CreateShortCut "$DESKTOP\MyApp.lnk" "$INSTDIR\MyApp.exe"
!insertmacro MUI_STARTMENU_WRITE_END
SectionEnd

Section /o сделает секцию опциональной, т.е. на ней не будет стоять галка, и при тихой установке она не сработает
Далее, есть ещё такой вариант:

Код:

Section "Ярлыки в меню пуск" 
IfSilent SkipSection
; Shortcuts
SetShellVarContext all
!insertmacro MUI_STARTMENU_WRITE_BEGIN Application
CreateDirectory "$SMPROGRAMS\$ICONS_GROUP"
CreateShortCut "$SMPROGRAMS\$ICONS_GROUP\MyApp.lnk" "$INSTDIR\MyApp.exe"
CreateShortCut "$DESKTOP\MyApp.lnk" "$INSTDIR\MyApp.exe"
!insertmacro MUI_STARTMENU_WRITE_END
SkipSection:
SectionEnd

Если установка тихая - код секции не будет выполнен