[Vadikan]

но не сказано как создать резервную копию умолчального профиля. »

Думаю, это очевидно - скопировать папку Default User.

то как быть с папками "C:\Documents and Settings\All Users" »

Там просто общие файлы для всех пользователей - например, ярлык в Desktop отображается у всех пользователей. То же самое с меню пуск.

существует ли какая-нибудь сторонняя программа для работы с профилями? »

Без понятия.

Если где-нибудь: в реестре, в файле настроек или в ярлыке какой-нибудь путь будет записан неправильно то есть вторым способом то будет косяк - программа будет пытаться обратиться к файлу, находящимся не в своём а в чужом профиле, а к нему доступа нет. »

Такое возможно, конечно. Поэтому стандартный профиль нужно настраивать до первого входа. Конечно, если вы установили программы в свой профиль вместо programfiles, а потом вынесли ярлыки на рабочий стол, то в другом профиле они работать не будут. Что же касается работы ПО, то абсолютного ответа никто не даст - зависит от программы. В общем случае, проблем с работой быть не должно, но не исключаю, что какая-то персонализация пропадет.