[Delirium]

dreamond, все довольно просто. Для начала надо установить 2003 сервер, не делая контроллером домена.
Затем запустить с утилит из состава 2003 сервера на 2000 контроллере команды:
Именно в этом порядке:
adprep /forestprep
adprep /domainprep
Таким образом вы подготовите 2000 домен для работы с 2003 доменом. После успешного завершения операции поднимаете AD на 2003 сервере (dcpromo), делаете его глобальным каталогом, передаете ему роли, после успешной передачи понижаете роль 2000 сервера. В итоге у вас будет работоспособный 2003 сервер-контроллер домена.

какой IP надо задать домену №2? »

Да какой угодно, желательно чтобы его IP был в первых числах (192.168.1.1-10, ну или какая там у вас сеть), просто для удобства работы.
Почитайте здесь