[IRV]

Пункты меню не должны пропадать, т.к. эти ярлыки хранятся на диске, где стоит система (т.е. на первом).

Трудно сказать что-то на счёт значений SMART, если приводится только их относительные характеристики, а не чистые значения.
Для их получения используй, на пример, smartudm.
Посмотри их и выкладывай сюда.