[Admiral]

Delirium, любым путём это Разное, а в тему с приставкой .NET боюсь будут заглядывать лишь знакомые с данной технологией участники. Ну да ладно, хватит мне умничать, пора браться за дело. Задача понятна, один из механизмов разработала само MS - посредством службы Удаленный реестр (Remote Registry Service).
Требуемая Win32 API функция, для подключение к удалённому реестру RegConnectRegistry, располагается в библиотеке advapi32.dll.
Код как удалось подцепить и прочитать значение нужной ветки стоило бы приводить, может кто не знает и почерпнёт и с вопроса знаний.
Если импортировать Win32 участки кода не охота, или данную службу в целях безопасности держать включённой не желательно (в основном те отзывы что попадаются про эту службу указывают что это брешь в системе, но иные так же есть - Why run the RemoteRegistry Service?), можно организовать взаимодействие как у Радмина, у которого классическая схема взаимодействия клиент-сервера.
Для этого я предлагаю ознакомится с примерами к книге Practical .NET 2.0 Networking Projects
В этом случаи я бы пересылал бинарные данные reg файла, а уже на приёмной стороне, после сохранения, устраивал бы ему REGEDIT /S.
Вот ещё ссылка по теме Howto: (Almost) Everything in WMI via C# - Part 1: Registry