[Vadikan]

Flooper, подразделы HKLM удается сохранить таким же образом?

[Flooper]

Да. Подразделы сохраняются. Может не все. На каждый времени много уйдёт.

[Vadikan]

Flooper, исходя из справки, сохранение HKLM целиком не поддерживается.

Код:

REG SAVE <имя_раздела> <имя_файла> [/y]

  имя_раздела   КОРЕНЬ\<подраздел>
    КОРЕНЬ      [ HKLM | HKCU | HKCR | HKU | HKCC ]
    подраздел   Полное имя подраздела реестра в одном из выбранных корневых
                файлов.

  имя_файла     Имя диска, на который сохраняется файл. Если путь не указан,
                то файл создается в текущей папке вызывающего процесса.

  /y            Выполнение замены существующего файла без запроса
                подтверждения.

Сссылки по теме:
Создание резервной копии, редактирование и восстановление реестра Windows XP и Windows Server 2003
ERUNT - The Emergency Recovery Utility NT ...
Автоматическое резервное копирование реестра по расписанию