[Amin]

Подсоединяться к SQL серверу с Линкса - это не проблема, надо кое что настроить - но не сложно.

Хм, даже интересно стало. Я в свое время пытался с линуксовой машины подсоединиться к M$SQL 2005, и так и не смог заставить это работать. Практически везде для этого рекомендуют использовать пакет FreeTDS, но он давно не обновлялся и самая старшая версия M$SQL, для которой заявлена работоспособность - 2000. Если не затруднит, было бы интересно услышать толковые мысли насчет работы из *nix-систем с MSSQL 2005 / 2008.

Но вам же нужно также в коде всё переписать, чтобы мочь работать с другой базой данных. Если будете платить кому то за переделывание кода, то требуйте тогда, чтобы кода независимо от конкретной базы данных писался - соответствующий классов и наработок в интернете полно и не требуют долго переобучения

1С уже показала нам пример такого подхода. База из тысячи таблиц, полный игнор индексов, соединения по *текстовым ключам* + кривой транслятор для PostgreSQL в 1С 8.1. В результате - четыре заявленных хранилища (файловое, M$SQL, PgSQL, DB2) - и поддержка каждого не без кривизны.

ИМХО, разумнее выбрать одну базу, исходя из требований, и сделать работу с оной действительно по уму, а не как у 1С.
Кстати, в современных условиях цена начинает иметь значение. Помните, что при больших базах (> 4 Гб) и большом числе соединений (MSSQL еще и клиентские лицензии содержит) MSSQL - это ни разу не дешево.

А если MySQL не тянет нагрузку - сперва попробуйте заняться оптимизацией запросов. В них - суть зла.
Смена БД - это уж совсем крайняя мера, чатсо заканчивающаяся созданием новго проекта почти с нуля.
Если уж будете менять - посмотри в сторону PostgreSQL. Это того стоит.