[DJ Mogarych]

Это обучловлено особенностью разрезки/склейки формата mpeg, или это просто HDTVtoMPEG2 косячит? »

Думаю, что это особенности резки-склейки mpeg. У меня в программе Free video dub получалось так же.

Есть ли какой-нить софт, который мог бы пересобрать полученный файл и занового его переиндексировать »

Любая монтажная программа, типа Pinnacle studio или Ulead video studio. "Умный" редактор не будет перекодировать файл, если видит, что характеристики уже подходящие, он просто соберёт нужные куски в один фильм. Посмотрите ещё на Видеохэлпе редакторы MPEG-файлов. По ссылке они отсортированы так, что бесплатные программы находятся сверху.

MediaInfo после разрезки файла показывает немного другие параметры аудио (битрейт). »

Это связано с пересчётом среднего значения переменного битрейта после отрезания куска от файла.

Да, и спасибо вам за хорошо и грамотно заданный вопрос. Нынче это редкость.