[Coutty]

Пока не слишком понятно по какому параметру раскидывать. »

Если файлы имеются - то по любому параметру - по времени создания или рандомом (а на них есть ссылки со страниц? Тогда лучше не трогать).
А потом при добавлении скрипт пусть следит - если в БД уже есть, скажем, 100 записей на эту папку (запрос типа "SELECT COUNT(*) FROM имя_таблицы WHERE имя_каталога = последнее_имя"), то создавать новую. "Последнее_имя" тоже надо где-то хранить, я думаю, либо делать кореллированный подзапрос, что не очень хорошо, как мне кажется.

Производительность возрастёт - попробуйте через виндовый проводник открыть папку с кучей файлов и с малым количеством. Разница будет видна на глаз.

Я всё мутно объясняю, но суть в том, что пути к файлам и свойства надо хранить в БД, а папки слишком большими не делать.

По анимэ у нас спец.тема есть