[dascon]

HellFire_MZ, и для каких нужд? Вообще, для такого типа конфигураций дискретное видео - явно лишнее. Поэтому можно (оптимальнее) собирать на базе mATX с встроенным видео.

ставить железо в один из таких корпусов думаю

второй вариант, возможно(?), не предусматривает "горячую замену hdd"

Какие сейчас материнки под это дело лучше брать? хотелось бы рейд надежный и горячую замену винтов...

корпуса расчитаны на низкопрофильные карты расширений (PCI и пр.). Из этого и исходи. Т.к. более-менее "надежный RAID" будет либо на серверной материнке, либо в как раз в слот PCI (или др.) пойдет.