[Mr dUSHA]

а что за ошибка? у меня PstSetup.cmd нормально вроде отрабатывал.»

Ошибка была в том, что два раза запускался оптимизатор реестра в случае если был включен запуск PstSetup.cmd.
Хотя оптимизатор должен запускаться один раз, и уже после отработки скрипта PstSetup.cmd, чтоб изменения, внесенные в реестр этим скриптом и програмаии из него запущеными, не потерялись.

Я немогу предсказать спецэфекта от двойного запуска оптимизатора, хотя теоретически все должно было работать нормально и так.

Можно ли просто заменить новым setup.exe в дистрибутиве без правки конфигов? »

Да. Именно так и сделайте, поскольку ничего больше не изменилось.