Ковырялся со скриптами и нашел выход ( хоть и тупой, проверенный и рабочий ).
Вместо WPI.HTA нужно давать ссылку на скрипт AutoIt , дав ему название например WPI.EXE
проверил на виртуалке, проверил в различных вариантах вызова WPI через RunOnceEx ,GuiRunOnce и т.п.
Все очень просто. Вот с этим скриптом делаем ехе-шник и ложим в одну папку с WPI.HTA.
И все ссылки даем на созданный ехе-шник WPI.EXE.
HTML код:

Shellexecute("wpi.hta")
Sleep(1000)
Shellexecute("wpi.hta")
То есть скрипт вызывает wpi.hta дважды. Первый раз вызывает, окошко как обычно мигнет и закроется, ждем 1 секунду, если wpi.hta не открылся с первого разу, то открываем его со второго раза!