[XPurple]

Безопасность - это особенность файловой системы NTFS, в FAT32 -, например, это недоступно. Информация о файлах, в том числе о безопасности, хранится в Master File Table (MFT) файловой системы NTFS.
первая навскидку ссылка http://www.ixbt.com/storage/ntfs.html

Позволю себе процитировать относительно MFT
"Master File Table управляет файлами и так называемыми метаданными в относительной структуре базы данных. Ее легко представить в качестве таблицы. Информация относительно файлов размещена в строки, а атрибуты (скрытый, зашифрованный, сжатый, система, и т.д.) - в столбцы. Метаданные, содержащие информацию относительно самой MFT сохранены в первых 16 записях, занимающих 16 Кб. Следующие записи содержат информацию о позиции файлов в MFT, содержании и неиспользованном пространстве. Файлы размером до 900 байт могут "уложиться" в одну запись. Для больших файлов MFT содержит указатели о месте их нахождения. То же самое и с папками: достаточно маленькие полностью включены в файловую таблицу. NTFS управляет большими папками с помощью так называемой структуры B-tree, которая индексирует похожие файлы или их названия, что ускоряет последующую обработку."
Взято отсюда http://lightnet.obninsk.ru/Review/Software/191.shtml

[monkkey]

Если бы настройки безопасности хранились в реестре, Вы представляете размер реестра файл-сервера с эдак 200 000 файлов? )))
Намек: Безопасность NTFS. Для быстрого просмотра параметров безопасности есть утилиты, например, на sysinternals.com