[Busla]

Вложением папок с разным уровнем доступа лучше не увлекаться.
На каждый ресурс создаёте группы вида

acl тип_ресурса ресурс права
acl fs записи_разговоров_КЦ RO - доступ на чтение и по ftp и по smb
acl fs шаблоны_договоров RW

в них уже лежали группы по административному делению предприятия:
dep callcenter - sales
dep callcenter - operators
dep callcenter состоит из групп в него входящих + руководитель (если администрация не была выделена в отдельную подгруппу)

либо по проектам с аналогичной вложенностью групп

[paranoya]

А если всё таки нужны вложения или структуру нельзя упростить, то изучаем Dynamic Access Control (DAC).