[__sa__nya]

DmU,
1. Такая проблема при работе программы на виртуальной ОС?
2. Наблюдается ли проблема на Win2012R2, если она не виртуальная? - Попробуйте запустить на той винде, где развернута Hyper-V
3. Установлен ли антивирус на ОС, где наблюдается проблема?

[DmU]

1. Да проблема на виртуальной ОС
2. До той где развернут Hiper-V, пока еще не пустили, но думаю попробовать. Пробовал с основной подцепить папку как сетевой диск в виртуалке, также пробовал работать на нем, ситуация не поменялась, вот осталось только уже на самой основной попробовать
3. Да установлен Eset, с ним пробовал добавлять в исключения все расширения и папки в которых установлена база, также пробовал отключать защиту на время. Для остановки его как службы или удаления не достаточно прав.

[__sa__nya]

DmU,
1. Предлагаю попробовать на основной ОС (хостовой).
2. Ваше ПО работает если ОС запущена в безопасном режиме? - Если да, попробуйте на виртуальной ОС в безопасном режиме, будут ли проблемы со скоростью?

[DmU]

Поднял тестовую виртуалку у себя на 2012 сервере с 2012 сервером, запустил тест записи в базу, по монитору показало 2,2 Mb/sec. Значит в принципе ограничений на использование сервера 2012 у меня нет.
Теперь, я так понимаю, есть какие-то ограничения у клиента, экспериментировать клиент у себя не дает(

[DmU]

Решили проблему.
Пришли к выводу, что в этой конфигурации сервера как-то нестандартно работает диск с кэшированием и организацией рандомного доступа, провели манипуляции со своей программой, стали управлять сами файлами, без участия винды.
Скорость вернулась к нормальным значениям .