[Core-2]

.... и самое главное: увеличить удобство навигации : чтобы не было путаницы в папках. »

Какая может быть навигация в системных папках ? Что там ловить ? Ручками лучше ничего не трогать,а применять стандартное средство очистки дискового пространства. Либо сторонние утилиты типа CCleaner,Wise Disk Cleaner и др. .

[LehaMechanic]

Какие папки/подпапки в т.ч. "системныe" можно безболезненно удалять для работоспособности системы ? »

Никакие. Серьезно. Если вы думаете, что они пустые, то не факт, что это так на самом деле, во-первых. Винда много чего не показывает пользователю, по понятным причинам. Кстати, можно примеры пустых, по вашему мнению, системных папок?

Цель: уменьшить размер системы »

Путем удаления пустых папок? Они ничего не весят, рамер равен нулю
И как уже было сказано, поменьше лазайте в системные папки и вообще на диск С, система целее будет. Вот выделили ей свой системный раздел и не трогайте там больше ничего. Свою файлопомойку, включая софт и игры, лучше хранить на отдельном разделе и вот там уже рулить как душе угодно.