[vadblm]

GRUB и LILO могут держать свои начальные стадии в MBR, да собственно практически всегда так и делают, замещая стандартный загрузочный код MBR своим.

[El Scorpio]

MBR - это главная загрузочная запись. Находится в начале жёсткого диска, читает таблицу разбиения дисков и передаёт управление загрузчику активного раздела.
Есть ещё BR - загрузочная запись активного раздела. Находится в начале раздела, ищет файлы ядра операционной системы и загружает их

Поскольку размер указанных записей ограничен, основной код современных загрузчиков хранится в виде отдельных файлов. В частности NTLDR выполняет одноимённый файл из корневого каталога активного раздела (либо пишет "NTLDR не найден"), а GRUB вообще использует каталог /boot/grub

Так вот, Windows при установке записывает в MBR первого диска стандартную программу, а NTLDR записывает на активный раздел диска. Linux при установке записывает в MBR первого диска GRUB, проверяет компьютер на наличие других операционных систем и добавляет их вызов в меню GRUB.
Если выбрать в меню GRUB загрузку Windows, то получится следующее
1. При включении компьютера BIOS читает MBR и запускает GRUB, который отображает загрузочное меню Linux
2. При выборе команды загрузки Windows, GRUB запускает загрузочную запись указанного раздела, которая содержит начало NTLDR.
3. NTLDR подгружает свой код из файла c:\ntldr, показывает пользователю загрузочное меню Windows и начинает загрузку Windows в выбранной конфигурации