[QRS]

Создал корневой самоподписаный сертификат, подписал им сертификат сервера, »

Это как? Вы точно центр сертификации подняли?

Предполагаю, что Вы пользуетесь самоподписанным сертификатом (который и есть корневой), т.о. у Вас нет никаких иерархий и цепочек сертификатов.

Если Вам необходим сертификат для внешних (по отношению к Вашей организации) пользователей, то лучшее решение - заказать сертификат в соответствующем центре - это платно, но зато Ваш сертификат будет проходить проверку подлинности на всех ПК мира
Если сертификат только для собственных пользователей, то либо пользуйтесь самоподписанным (придется настроить доверие на всех ПК, что можно сделать через Групповую политику или руками), либо поднимайте Центр сертификации.

PS: если иерархия есть - покажите скрин сертификата.

[zealot01]

Сертификаты и ключи делал средствами OpenSSL, им же подписал запрос на серверный сертификат. Запрос на серверный сертификат тоже делал через OpenSSL. Серверный сертификат ставил как pfx контейнер в IIS. Тоесть всё делал без Microsoft CA. Иерархия есть, как уже было написано, сначала идёт корневой сертификат, потом сертификат сервера.
Просто я видел, как при заходе на некоторые сайты показана вся иерархия и корневой перечёркнут, так как нет в хранилище довереных браузера (и промежуточных в хранилище нет).
Так как этих сертификатов вообще нет в хранилище пользователя, то они передаются при установке SSL соединения и можно просто установить корневой, чтобы не было ошибки.
У меня же показан только серверный сертификат и пишется ошибка, что невозможно проверить сертификат сервера, правильная иерархия будет показана только если корневой сертификат установить из файла. На работу приеду, сделаю скрины.