[El Scorpio]

Даже в стандартном Outlook есть функции шифрования и подписывания писем посредством сертификатов типа PKI.
В Mozilla Firefox также можно установить плугин для поддержки ключей PGP.

То есть, шифрование почты нужно указать открытый ключ (сертификат) получателя, и он сможет расшифровать её своим закрытым ключом.
Теория процессов асимметричного шифрования здесь

[SimSim]

Amistoso, Нужна именно отдельная программа? Тогда CenturionMail.
Но по-моему вполне достаточно использование почтового клиента. Например The Bat! или бесплатного Mozilla Thunderbird, установив дополнение Enigmail.

[lxa85]

Thunderbird, Enigmail, GnuPG. Шифруем почту на лету
А так же все остальное, что связано с PGP и GNUPG в частности.